Clozapin ist ein relativ nebenwirkungsarmes Medikament. Starkes Sabbern und Müdigkeit sind häufige Nebenwirkungen. Eine seltene, aber schwere und lebensbedrohliche Nebenwirkung von Clozapin ist Agranulozytose. Bei dieser schweren Blutbildungsstörung fallen die weißen Blutkörperchen im Blut stark ab. Dadurch wird die Körperabwehr geschwächt. Der Körper wird anfällig für Infektionen und kann sie nicht mehr bekämpfen. Am Anfang der Behandlung liegt dieses Risiko bei 1%. Wenn die Erhaltungsdosis eingeschlichen ist reduziert sich das Risiko dieser schweren Nebenwirkung auf 0,1%. Am Anfang der Behandlung muss deshalb wöchentlich das Blut kontrolliert werden. Wenn die Zieldosis erreicht ist, reicht es monatlich zu kontrollieren. Aufgrund dieser potentiell lebensbedrohlichen Nebenwirkungen wird es nur noch selten verschrieben.